Az újabb kori gondolkozásra erősen hatott a természettudományos gondolkozásmód. Amikor szellemi igényekről, a „lélek életéről” beszélünk, lehetetlen figyelembe nem vennünk a természettudományos gondolkodásmódot és ismereteket. Kétségtelen, hogy sokan vannak még, akik szellemi igényeiket kielégítik anélkül, hogy zavarná őket a szellemi életben uralkodó természettudományos áramlat. Akik azonban az idők szavát megértik, nem tartozhatnak ezek közé. A természettudományos megismerésből származó gondolkozás egyre gyorsabban hódítja meg az elméket. A szívek pedig ha többnyire bátortalanul és vonakodva is, de követik az elméket. Nemcsak a meghódítottak száma fontos azonban, hanem az is - és erről a figyelmes szemlélő meggyőződhet - hogy a természettudományos gondolkozásban olyan erő van, amely nem maradhat hatás nélkül a mai világszemléletre. Ennek a gondolkozásmódnak vannak kinövései, amelyeket vissza kell utasítanunk. De ez önmagában nem elég egy olyan korban, amelyben rengeteg ember fordul e felé a gondolkozás felé, mintha varázserő vonzaná. Ezen nem változtat az sem, hogy egyesek belátják, hogy az igazi tudomány saját erejéből már „régen” túlhaladta a materializmus „sekélyes erő és anyagbölcseletét11. Sokkal inkább kell azokra ügyelni, akik merészen azt állítják, hogy a természettudományos gondolkozáson kellene egy új vallásnak felépülnie. Ha sekélyesnek és felületesnek látja is ezt a nézetet, az, aki ismeri az emberiség mélyebb szellemi igényeit, mégis meg kell hallgatnia. Mert e felé fordul a mai idők figyelme és indokolt a vélemény, hogy a közeljövőben még nagyobb érdeklődés nyilvánul meg iránta. De gondolnunk kell azokra is, akiknek lelki érdeklődése intellektuális érdeklődésénél fejlettebb. Ok azok, akik nem tudnak szabadulni a természettudományos gondolkozásmód hatása alól, mert a bizonyíték terhe nyomja őket. Lelkük vallásos igényeit azonban ez a gondolkozásmód vigasztalan perspektívája miatt nem elégíti ki. Csak azért lelkesedjék az emberi lélek a szépség, igazság és jóság magasztos eszméiért, hogy végül úgy tűnjék el a semmibe, mintha csak a materiális anyagból felszálló buborék lett volna? Olyan érzés ez, amely sok emberre lidércnyomásként nehezedik. De a természettudományos gondolkozásmód még azért is nyomasztó, mert hatalmas autoritatív erejével rákényszeríti magát az emberre. A legtöbben, amíg csak tehetik, nem vesznek tudomást erről a lelkűkben levő kettősségről, sőt azzal vigasztalják magukat, hogy lehetetlen az emberi léleknek ilyen dolgokban tisztán látni. Természettudományosán gondolkoznak, amennyire ezt a fizikai tapasztalatok és az értelmi logika megköveteli, de megtartják a beléjük nevelt vallásos érzést is és ezzel kapcsolatban legszívesebben az értelmüket elhomályosító sötétségben maradnak. Nincs meg a bátorságuk ahhoz, hogy e nehézségekkel megbirkózzanak és eljussanak oda, hogy világosan lássanak.
Kétségtelen, hogy a természettudományos gondolkozásmód a legnagyobb hatalom az újkor szellemi életében. Aki az emberiség szellemi érdeklődésével foglalkozik, ezt nem hagyhatja figyelmen kívül. De kétségtelen az is, hogy ahogyan a szellemi igényeket kielégítik, az felszínes és sekélyes. Vigasztalan volna, ha a szellemi igények kielégítésének ez volna a helyes módja. Nyomasztó volna, ha helyeselni kellene annak, aki szerint: „A gondolat az erő egyik formája. Ugyanazzal az erővel járunk, amellyel gondolkozunk. Az ember olyan organizmus, amely az erő különböző formáit gondolati erővé alakítja át, amellyel létrehoztuk azt is, amit gondolatnak nevezünk. „Milyen csodálatos kémiai folyamat, amely bizonyos mennyiségű táplálékot a Hamlet isteni tragédiájává tudott változtatni!” Ezt írta Flobert G. Ingersoll „Modern istenek alkonya” c. röpiratában.
Bár ha itt-ott meg is nyilatkoznak ilyen gondolatok és, még ha nem is találnak helyeslésre, nem ez a fontos, hanem az, hogy a természettudományos gondolkozásmód igen sok embert kényszerít arra, hogy a fentiek értelmében gondolkozzék a világ folyamatairól, még ha ezt nem is ismeri el.
Mindez vigasztalan lenne, ha maga a természettudomány is annak elismerésére kényszerítene, amit sok új prófétája hirdet. A legvigasztalanabb pedig az lenne, aki a természettudomány tartalmából azt szűrte le, hogy a természet területén a természettudományos gondolkozásmód érvényes és módszere megingathatatlan. Mert azt kell mondania, hogy akármennyit vitáznak is egyes kérdésekről, akárhány kötetet írnak tele, akármennyi megfigyelést gyűjtenek össze a „létért való küzdelemről”, vagy annak értéktelenségéről, a „természetes kiválasztódás mindenhatóságáról”, vagy annak tehetetlenségéről, a természettudomány maga abba az irányba halad, amely az elismerést, bizonyos határok között, mind nagyobb mértékben kivívja majd magának. De igazán olyan követelményekkel lép-e fel a természettudomány, mint amilyenekről néhány képviselője beszél? Hogy nem olyan követelményekkel lép fel, azt éppen azoknak a magatartása mutatja, akik maguk sem igazodnak el saját területükön ahhoz, amit sokan előírnak és más területeken megkövetelnek. Eljutott volna-e Darwin és Háeckel valaha is az élet fejlődésének területén nagy felfedezéséhez, ha ahelyett, hogy élőlények életét és alkatát vizsgálta volna, laboratóriumába visszavonulva szövettani metszetekkel kémiai kísérleteket folytat? Leírhatta volna-e Lyell a földkéreg fejlődését, ha nem a föld rétegeit és a rétegek tartalmát, hanem a kövek kémiai tulajdonságát vizsgálta volna? Kövessük valóban ezeket a kutatókat, akik az újabb tudományos fejlődés kimagasló alakjai és akkor ugyanúgy járunk el a szellemi élet magasabb területén, mint ők a természeti megfigyelésben. Akkor nem fogjuk azt hinni, hogy az „isteni” Hamlet-tragédia lényegét értettük meg azzal, ha feltételezzük, hogy egy csodálatos kémiai folyamat által bizonyos mennyiségű táplálék a Hamlet tragédiává alakult. Nem fogjuk azt hinni, mint ahogy a természetkutató sem hitte komolyan, hogy abból érti meg a hő szerepét a föld fejlődésében, ha áttanulmányozza, hogyan viselkedik a hő a retortában a kénnel szemben. Az agyvelő alkatát sem úgy akarja megérteni, hogy kivág belőle egy darabot, és megfigyeli, hogyan hat rá a lúg, hanem ha azzal a problémával foglalkozik, hogyan alakul ki a fejlődés folyamán alacsonyabb rendű lények szerveiből.
Tehát mégis igaz, hogy aki a szellemiséggel foglalkozik, csak tanulhat a természettudományból. Csak éppen neki is úgy kell eljárnia, mint a természet- tudománynak. Ne tévessze azonban meg, amit a természettudomány egyes képviselői előírnak. Úgy kutasson a szellem területén, ahogy a természettudósok a fizikai világ területén. De ne fogadja el véleményüket, amellyel - gondolkozásuk által elhomályosítva - a szellemi világot tisztán fizikainak képzelik el.
A természettudomány értelmében járunk el, ha az ember szellemi fejlődését épp oly elfogulatlanul szemléljük, mint a természetkutató a fizikai világot. Így a szellemi élet területén olyan szemléleti módhoz jutunk, amely épp úgy különbözik a tisztán természettudományos szemlélettől, ahogy a geológiai szemlélet a csak fizikaitól, az élet fejlődésének vizsgálata a puszta kémiai törvények kikutatásától.
Ezáltal magasabb módszerekhez jutunk, amelyek bár nem a természet- tudomány módszerei, mégis teljesen annak szelleméhez igazodnak. Így a természetkutatás egyoldalú megállapításait más szempont szerint módosítjuk, vagy korrigáljuk, de ezzel a természettudományt csak tovább fejlesztjük, és nem vétünk ellene. Csak ilyen módszerekkel ismerhetjük meg a szellemi fejlődést, a kereszténységet, vagy más vallások képzetvilágát. Természetes, hogy ezeknek a módszereknek az alkalmazása kiváltja azok ellenkezését, akik azt hiszik magukról, hogy természettudományosán gondolkoznak. Aki azonban ezeket a módszereket alkalmazza, az tudja, hogy teljes összhangban vannak az igazán természettudományos gondolkozással.
Ez a kutatásmód éppen azért nem állhat meg a szellemi élet dokumentumainak kizárólag történelmi kutatásánál, mert a természeti folyamatok szemléletéből merítette gondolkozásmódját. Egy kémiai törvény leírásánál nem az a fontos, hogy a felfedezésekor használt lombikokat, tégelyeket és csipeszeket írjuk le. A kereszténység keletkezésének leírásánál sem azoknak a történelmi forrásoknak a megállapítása a fontos, amelyekből Lukács evangélista merített, vagy amelyek szerint János a „titkos” jelenéseket állította össze. A történelem ilyen értelemben csak előzménye lehet a tulajdonképpeni kutatásnak. Nem a kútfők történelmi keletkezésének követésével ismerjük meg a Mózes írásaiban, vagy a görög misztériumok hagyományaiban uralkodó gondolatokat, mert ezek a dokumentumok csak külső kifejezései a bennük megnyilatkozó gondolatoknak. Az ember mivoltával foglalkozó természetkutató sem azt keresi, hogyan keletkezett az „ember” szó és hogyan alakult tovább a nyelvben. Szemléletének tárgyához és nem az azt kifejező szóhoz igazodik. A szellemi életben is a szellemhez, nem pedig ennek külső dokumentumaihoz kell igazodnunk.